Der Bahnhof Mühlhausen befindet sich im Osten der Stadt. Der Regionalexpress von Erfurt nach Kassel oder Göttingen hält in Mühlhausen, ebenso die Regionalbahn von Gotha nach Leinefelde. Vom Bahnhof aus sind es zu Fuß circa 10 bis 15 Minuten bis in die historische Altstadt.
La gare de Mühlhausen est située à l'est de la ville. L'express régional d'Erfurt vers Kassel ou Göttingen s'arrête à Mühlhausen, tout comme le train régional de Gotha vers Leinefelde. Depuis la gare, il faut compter 10 à 15 minutes de marche pour rejoindre la vieille ville historique.
Mühlhausen station is located in the east of the town. The regional express from Erfurt to Kassel or Göttingen stops in Mühlhausen, as does the regional train from Gotha to Leinefelde. From the station it takes about 10 to 15 minutes to walk to the historic old town.